旧合併特例法が、平成17年3月31日に期限を迎え、引き続き自主的な市町村の合併を全国的に推進していくため、 5年間の限時法として「市町村の合併の特例等に関する法律（合併新法）」が、平成16年5月26日に成立し、平成17年4月より施行されました。
地方分権の進展及び経済社会情勢の変化に対応した市町村の行政体制の整備及び確立のため、当分の間、市町村の合併についての特例措置等を講ずることにより、 自主的な市町村の合併の推進による市町村の規模の適正化並びに合併市町村の円滑な運営の確保及び均衡ある発展を図り 、もって合併市町村が地域における行政を自主的かつ総合的に実施する役割を広く担うことができるようにする。
合併をしようとする市町村は、合併市町村基本計画の作成やその他合併に関する協議を行うための協議会を設置する。 合併協議会の会長及び委員は、関係市町村の議会の議員、市町村長、その他の職員、学識経験者の中から選任する。 このほか、委員については、請求代表者又は同一請求代表者を加えることができる。
有権者の50分の1以上の者の署名をもって、市町村長に対して、合併協議会の設置の請求を行うことができる。 全ての関係市町村で同一内容の請求が行われた場合には、全ての関係市町村長は、合併協議会設置協議について、議会にその意見を付して付議しなければならない。 議会の審議において合併協議会設置協議が否決された場合には、市町村長による請求又はこれがなかった場合における有権者の6分の1以上の署名による請求により、 合併協議会設置協議について選挙人の投票に付するよう請求することができる。有効投票総数の過半数の賛成があったときは、議会の議決があったものとみなす。
合併市町村がハード・ソフト両面における円滑な運営の確保及び均衡ある発展を図るため、合併市町村、都道府県が実施する事業等を内容とする計画を作成する。 合併協議会は、計画を作成・変更するときは、あらかじめ都道府県知事に協議しなければならない。 また、合併市町村は、議会の議決を経て、計画を変更することができる。
合併する場合に限り、市制施行のための要件を、人口3万人以上とするとともに、連たん要件等の人口以外の要件を不要とする。 なお、市の全域を含む区域をもって行われる新設合併にあっては、市制施行のための要件を備えていない場合でも備えているものとみなす。
関係市町村の議会の議員のうち、合併がなければ退職年金の在職期間の要件（在職12年以上）を満たすことになる議員は、当該要件を満たしているとみなす。
農業委員会委員のうち、選挙による委員は、一定数以内、一定期間に限り引き続き在任することができる。
一般職の職員が、引き続き職員の身分を保有するようにし、また公正に取り扱わなければならない。
合併関係市町村と合併関係市町村以外の地方公共団体が、一部事務組合又は広域連合を組織している場合に、関係地方公共団体の協議による規約の改正等によって、 合併後も当該一部事務組合又は広域連合とすることができる。一部事務組合等の構成市町村間の合併で、事実上構成団体の変更がない場合において、市町村の合併後規約が変更されるまでの間（最大6ヶ月）、 合併市町村及び他の地方公共団体が組織する一部事務組合とみなす。
合併が行われた日の属する年度及びこれに続く5年度に限り、課税としないこと又は不均一の課税をすることができる。 合併により新たに人口30万人以上の市となった場合における当該市に対する事業所税の課税団体の指定は合併の日から起算して5年間は行わないものとする。 合併に伴い特例市となる地域に所在する市街化区域のうちのうち、新たに宅地並課税の対象となるべきものについては、合併後5年間は、宅地並課税の適用を受けない市街化区域農地とみなす。
合併市町村基本計画を達成するための事業に要する経費に充当する地方債について特別の配慮をする。
災害等に対する国の財政援助につき、合併市町村が不利益とならないようにする。
流域下水道の関係市町村が、合併により一の市町村となった場合、都道府県と関係市町村の協議により、 合併の日から起算して10年を経過する日の属する年度の末日までの範囲で当該協議で定める期間に限り、当該下水道を流域下水道とみなし、下水道法の規定を適用する。
一定期間に限り、従前の選挙区によるか、又は合併市町村が従前に属していた郡市の区域を合わせて一選挙区を設けることができる。
合併前の関係市町村の協議により、旧市町村の区域ごとに、合併市町村の長の諮問により審議又は必要な事項につき意見を述べる審議会（地域審議会）を置くことができる。
合併に際して、1又は2以上の合併関係市町村単位で地域自治区を設ける場合には、(1)合併関係市町村の協議で設置を決定 (2)特別職の区長を置くことができる（市町村村が選任） (3)住所の表示に地域自治区の名称を冠する。
合併後の一定期間（5年以下で規約で定める期間）、1又は2以上の合併関係市町村の区域であった区域を単位として、特別地方公共団体である合併特例区を設けることができる。
総務大臣は、自主的な市町村の合併を推進するための基本的な指針を定める。
都道府県は、基本指針に基づき、自主的な市町村の合併を推進する必要があると認められる市町村を対象として、対象の市町村の組合せ等を内容とする構想を定める。
都道府県に、知事の諮問に応じ、市町村合併の推進に関し重要な事項を調査審議する市町村合併推進審議会を置く。
構想対象市町村が合併協議会を置いているときは、都道府県知事は、合併協議会に対し、市町村の合併に関する協議の状況について報告を求めることができる。
構想対象市町村が合併協議会を置いている場合において、当該合併協議会の委員相互の間において、合併市町村の名称、事務所の位置又は財産処分等に関する協議が調わないときは、都道府県知事は申請に基づき、市町村合併調整委員を任命し、あっせん又は調停を行わせることができる。
都道府県知事は、構想対象市町村が合併協議会を置いている場合において、必要があると認めるときは、当該構想対象市町村に対し、合併協議会における市町村の合併に関する協議の推進に関し必要な措置を構ずべきことを勧告することができる。
この法律の規定は、地方交付税の額の算定に関する規定を除き、特別区にも適用される。
この法律は、平成17年4月1日に施行し、平成22年3月31日に失効する。
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